La sublevación fue encabezada por don Fernando de Valor, que se convirtió al islam adoptando el nombre de Ábén Humeya. En el segundo semestre de 1569 se le unieron los moriscos del Marquesado de Zenete y el valle de la Almanzora, momento en que llegó a contar con 30.000 seguidores.
Desconfiado ante la superioridad numérica de éstos, el rey Felipe II decidió enviar a su hermano don Juan de Austria para hacerse cargo de las operaciones, llegando éste a Granada el 13 de abril. La contienda duró varios años. En enero de 1570 ya se habían reclutado más de 20.000 soldados. Para reducir a los moriscos, que rechazaban el combate en campo abierto y aprovechaban su conocimiento detallado y preciso del territorio para imponerse a las tropas de la corona, éstas tuvieron que asediar los pueblos uno a uno provocando en muchos casos su destrucción.
La guerra civil agotó los recursos y destruyó una gran parte de la infraestructura productiva de la región. Sofocada la revuelta, la monarquía española endureció sus condiciones a los moriscos, que fueron finalmente expulsados entre 1609 y 1613. El territorio fue repoblado con campesinos de Extremadura, Castilla y el norte de Andalucía.
La decadencia de la agricultura y la industria artesana, que tantos siglos de fecundidad vivió, se fue haciendo patente a lo largo del siglo XVII, y el comercio de la seda desapareció a finales del siglo XVIII. Granada perdió así uno de los principales atractivos de sus zocos y foros comerciales.