En su faceta médica, Pujol fue inventor de la pomada antibiótica Neobacitrin cuando trabajaba en el laboratorio familiar Fides Cuatrecasas. En un primer momento, su padre no pretendía prestarle el dinero para el desarrollo de la fórmula, sin embargo, después de mucho insistir, Jordi Pujol finalmente consiguió el dinero necesario: cincuenta mil pesetas. Más tarde, esta pomada consiguió un gran éxito y en la actualidad sigue utilizándose.