La isla está ocupada por los municipios de Cádiz al norte y San Fernando al sur, estando unidas ambas por un tómbolo.
La Isla de León está separada del resto de la península ibérica (es decir, de los municipios de Chiclana de la Frontera y de Puerto Real) por el caño de Sancti Petri, brazo de mar que se extiende desde las aguas de la bahía (al norte) hasta el océano Atlántico (al sur). Las comunicaciones terrestres con la Isla de León se han desarrollado, a lo largo de la historia, a través del puente Zuazo y sus predecesores. Sin embargo existen también dos grandes puentes que unen la Ciudad de Cádiz (asentada en la isla) con el resto del continente. Son el puente de José León de Carranza y el puente de la Constitución de 1812, el cual se terminó de construir en 2015.