Al borde del sepulcro, con 90 años sobre la cogulla, viendo vacilar al Rey en la conducta que había de seguir en Aragón, cuando las turbaciones de Antonio Pérez, le dijo con voz meliflua una mañana, después de confesarle: -Dios ha peleado por vos. Si perdonáis a sus enemigos, El no os perdonará a vos. No haya procesos, sentencias ni ejecuciones-, porque basta dar los nombres de los culpables para que todo súbdito del Rey quede autorizado a matarlos.
El consejo era horrible, y por serlo demasiado, se llevó a cabo con refinada crueldad, porque ese era el espíritu que dominaba en la diplomacia intolerante do aquella época.
Mientras Aragón ardía y Flandes se anegaba en sangre, Fray Diego muy devoto de la Virgen del Rosario tenia la costumbre do decir misa muy temprano en Santo Domingo al Real, y después conversaba amigablemente con las monjas en locutorio privado, donde tomaba chocolate y murmuraba de todo lo humano y aun de lo divino con la serenidad del justo que no tiene nada por lo que le remuerda la conciencia.
Cierto día, el siguiente de haber sido puesta en libertad la valerosa D.ª Juana Coello. esposa de Antonio Pérez, en el instante mismo en que Fray Diego de Chaves subía al altar mayor de las Dominicas a decir misa se presento Doña Juana vestida de luto y asiendo fuertemente la casulla del fraile, se dirigió a Diós poniéndole por testigo y pidiéndole a voces justicia contra el confesor del Rey que la habla engañado. El suceso produjo gran escándalo aunque no había mucha gente en la capilla; las monjas chillaron en el coro, los monaguillos huyeron a la calle y es fama que el reverendo padre Chaves, no obstante su imperturbable poderío, se alteró tanto que bajó del altar danto traspiés y se metió en la sacristía sin decir la misa.