Ceuta comparte colores con Lisboa, ya que la ciudad autónoma fue dominio portugués del siglo XV al XVII. La bandera de la capital lusa, también conocida como bandera de San Vicente, fue adoptada por Ceuta en los inicios de su época portuguesa. La enseña de la ciudad autónoma también incluye el escudo de Portugal.
El elemento principal de la bandera de Melilla es su escudo, el de la Casa Ducal de Medina Sidonia. Esta poderosa familia gobernó la ahora ciudad autónoma a partir del siglo XV. El rey Alfonso XIII decretó el uso de este escudo como símbolo de Melilla en 1913.