En la actualidad, el jardín está gestionado por el Instituto Canario de Investigaciones Agrarias. Su finalidad primera es la protección y conservación de las especies que habitan el botánico, centrándose especialmente en los endemismos canarios y en las especies en peligro de extinción. A ello se suma un plan didáctico que el jardín aplica a los cientos de escolares que visitan cada año las instalaciones para hacerles partícipes de la labor de preservación por parte de los ciudadanos. Además, el recinto tiene una intensa actividad turística que ha llegado a registrar hasta 400.000 visitas anuales.
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