El 15 de diciembre de 1817 contrajo matrimonio con Cipriano Palafox y Portocarrero,duque de Peñaranda de Bracamonte, marqués de la Algaba, conde de Teba y de Montijo, entre otros títulos, soldado bonapartista y veterano de las Guerras Napoleónicas, que era hijo de Felipe Antonio de Palafox y Croy, hijo de los Marqueses de Ariza, y de María Francisca Portocarrero y López de Zúñiga, condesa de Montijo.
En 1837, se trasladó brevemente a Inglaterra para seguir la educación de sus hijas, pero pronto regresó a París. Después de la muerte de su marido, y quizás la decepción del matrimonio de Villiers con una dama inglesa, regresó a España y participó en una amplia vida social con la ambición de encontrar marido para sus hijas.
Su hija María Francisca Palafox Portocarrero y KirkPatrick, por ser la primogénita heredó gran parte de los títulos familiares, y casó con Jacobo Fitz-James Stuart y Ventimiglia, duque de Alba, siendo conocida como Paca de Alba.
Otra hija, Eugenia Palafox Portocarrero y KirkPatrick, influenciada por su madre y por Prosper Mérimée contrajo matrimonio con Napoleón III, siendo emperatriz de Francia y conocida como Eugenia de Montijo, cuyo título nobiliario poseyó.
En la década de 1830 se trasladó con sus hijas a París para que estudiasen, y allí retomó su relación con William Frederick George Villiers, que más tarde sería conde de Clarendon, de quien se rumoreaba que había sido su amante. También continuó su amistad con Prosper Mérimée, a quien había conocido en España y que tuvo gran interés en la educación de las niñas. Manuela fue la fuente de inspiración de Mérimée para la historia de Carmen.
Falleció en su casa del distrito de Carabanchel el 22 de noviembre de 1879.