El 16 de Enero de 1808 su vida cambió de un plumazo como consecuencia de la aparición en esta localidad de un destacamento francés que obligó a algunos vecinos y a él a transportar los bagajes del destacamento hasta Lerma. Jerónimo juró vengarse de aquel abuso y tomando las armas inició el hostigamiento de las tropas francesas cerca del Camino Real. Al principio lo acompañaba su criado, luego un sobrino, sus paisanos, sus ayudantes, sus lugartenientes y poco a poco, todos los pueblos de la comarca fueron uniéndose a su causa.
Con casi cuarenta años y ayudado por “El Empecinado”, lograron echar a las tropas francesas de Roa mediante una estratagema basada en el fuego. Este episodio fue uno de los hechos de armas más brillantes del Cura Merino y sus guerrilleros. Poco después reuniría en Covarrubias a los otros jefes de las guerrillas para acordar el plan a seguir en Castilla contra la invasión francesa.
Las Juntas de Roa, Aranda y Lerma le enviaron multitud de jóvenes para ayudarle en la lucha y gracias a ello derrotó en reiteradas ocasiones al ejército francés. Ello le hizo merecedor de la condecoración de la “Cruz Roja”, que le concedió la Junta Central. Poco después sorprendió un convoy del enemigo, con destino a Ciudad Rodrigo a la altura de Quintana del Puente, obteniendo como botín pólvora, cañones, bombas y distribuyendo entre los campesinos los caballos de tiro y los herrajes. Refugiado luego en la Sierra de la Demanda, volvió a sorprender con sus paisanos a las tropas francesas mediante la corta previa de los pinos que se hallaban junto al camino, pinos que utilizó luego como barrera. Tras esta nueva hazaña, fue nombrado Coronel.
Jerónimo Merino, integrado en los pueblos en los que se desenvolvía, solía albergar a sus combatientes en dichos pueblos. Dormía con los caballos ensillados y los jinetes cerca de ellos. Él descansaba preferentemente en lugares agrestes (como la Gruta del Cura Merino en tierras sorianas) y se dice que su carácter recio y recto logró hacer de los campesinos unos hombres sociales y dignos.
Continuó sus emboscadas desde 1811 (Cevico Navero) hasta 1812 (Hontoria de Valdearados) formando una línea defensiva del Duero a Lerma, junto con Padilla y Príncipe, siendo luego enviado a Cataluña donde fue nombrado Brigadier.
Vuelve a Burgos como Gobernador Militar hasta 1814 y cuando Fernando VII regresó a España le concedió una canonjía en Valencia, donde el Capitán General le impuso la Cruz Laureada de San Fernando y la Gran Cruz de Carlos III. Su sentido de la justicia y sus desavenencias con el clero le hicieron volver a su pueblo natal.
En 1820 se levantó contra la revolución de Riego. El absolutismo de Fernando VII, al que fielmente había servido, ordenó la disolución de su ejército, hecho que le hizo partidario de su hermano D. Carlos. Salió de nuevo al campo con sus fuerzas y siendo dispersados se refugió en Portugal, donde se reunió con D. Carlos. Participó en los sitios de Bilbao y Morella y tras el Convenio de Vergara, firmado en 1839 se refugió en Alençón (Francia), donde moriría cinco años más tarde (1844) a la edad de 75 años.
Los restos de Jerónimo Merino fueron trasladados el 1968 desde el cementerio de Alençón hasta España, siendo inhumados el 2 de Mayo en Lerma, frente al Convento de Santa Clara.