Sus estudios se vieron interrumpidos por la proclamación de la República en 1931 prosiguiendo su formación de guardia marina en el Reino Unido. Se casó en 1935, en Roma, con Doña María de las Mercedes de Borbón y Orleans, Princesa de las dos Sicilias, estableciendo su residencia en la ciudad portuguesa de Estoril. El matrimonio Borbón y Borbón tuvo cuatro hijos: la Infanta y duquesa de Badajoz, María del Pilar; el rey de España, don Juan Carlos I; la Infanta y Duquesa de Soria, Margarita y el Infante Alfonso de Borbón y Borbón, fallecido en accidente en 1956.
Don Juan De Borbón, Infante de España y Conde Barcelona, fue el heredero de los derechos dinásticos de la Casa de Borbón por la renuncia de sus hermanos Alfonso y Jaime y la abdicación de su padre, Alfonso XIII, en enero de 1941. Por ello y basándose en su posición publicó en 1945, desde Lausana, y en 1947 desde la ciudad portuguesa de Estoril, un manifiesto en el que reclamaba la restauración de la monarquía borbónica en España. Dos años más tarde, y desde Estoril, reiteró la publicación del citado manifiesto.
El régimen del caudillo le mantuvo apartado de los círculos de poder, no siendo reconocidos sus derechos dinásticos al no ser nombrado él como sucesor de Franco en la jefatura del Estado sino su hijo Don Juan Carlos. Este nombramiento supuso un distanciamiento sólo temporal entre Don Juan de Borbón y su hijo.
Tras la muerte del caudillo franquista y la subida al trono de don Juan Carlos, Príncipe de España, Don Juan de Borbón renunció a sus derechos a la Corona Española en favor de su hijo con un emotivo discurso pronunciado en el Palacio de La Zarzuela el 14 de mayo de 1977, dejando constar de manera oficial su renuncia a reinar en España como Juan III en favor de su hijo y de su patria, una nueva España que empezaba a reconstruir una democracia.
En 1978 el Rey Don Juan Carlos le nombró Almirante Honorario de la Armada. El 4 de diciembre de 1988 recibió el título honorífico, por parte del Gobierno, de Capitán General de la Armada.
Don Juan vivió sus últimos años con el orgullo de ver a su hijo hacer lo que él siempre propugnó.
Don Juan no llegó a restablecerse de su enfermedad, un cáncer de laringe contra el que luchaba desde 1980 y que le llevó a la muerte el 1 de abril de 1993.
Recibió el reconocimiento de la sociedad y los honores fúnebres propios de la dignidad de Rey, inhumándose sus restos mortales en el Panteón de Reyes del Monasterio del Escorial.