Desde un punto de vista médico, el hospital se especializó en enfermedades venéreas e infecciosas como la tiña o la sarna. En cuanto a sus dependencias, a comienzos del siglo XVII tenía 10 salas, seis para hombres y cuatro para mujeres, con un total de 243 camas, si bien, a mediados del siglo XIX llegó a sostener a 1612 enfermos anuales.
Del edificio, destacaba la iglesia, construida en 1552 y reedificada en 1798. Con la desamortización de Mendizábal en 1836, el hospital pasó a la beneficencia provincial, aunque por un convenio con el gobierno, los padres hospitalarios siguieron regentándolo, eso si, sin el carácter de orden religiosa. En 1856 se hizo cargo del establecimiento la Junta Provincial, que lo puso bajo la autoridad del Hospital Provincial. No obstante, en 1858 se volvieron a separar ambos establecimientos.
A finales del siglo XIX, se pensó en trasladar el hospital a un nuevo edificio en la zona del ensanche este, entorno a la calle Ibiza, procediéndose a su traslado a finales de 1897. Fue entonces cuando se demolió la parte del antiguo edificio destinada a hospital.Sobrevivió la iglesia, que desde 1891, había pasado a albergar la parroquia de San Nicolás y el Salvador, la cual, destruida durante la Guerra Civil, fue reconstruida posteriormente. En parte del solar del Hospital se abre el Pasaje Doré y el cine Doré de la Filmoteca Nacional.