Fue un soldado de infantería guipuzcoano que alcanzó gran fama y notoriedad por haber hecho prisionero al rey Francisco I de Francia en la Batalla de Pavía que se libró entre españoles y franceses el 24 de febrero de 1525.
Rodeados por tropas imperiales, el rey de Francia y su escolta intentaron abrirse paso rompiendo el cerco. De pronto, Francisco cayó del caballo, y al erguirse, se encontró con un estoque en su cuello. Era el soldado Juan de Urbieta que lo hacía preso. Diego Dávila, granadino, y Alonso Pita da Veiga, gallego, se juntaron a su compañero de armas. No sabían a quien acababan de apresar, pero por las vestimentas supusieron que se trataría de un gran señor e informaron a sus superiores. Aquel preso resultó ser el rey de Francia.
Urbieta obtuvo fama y honores a raíz de aquel suceso. El emperador Carlos I concedió a Urbieta un escudo de armas y un diploma acreditando sus méritos. Fue ascendido a capitán de caballería y obtuvo los títulos de caballero de la Orden de Santiago y Contino de Su Majestad. Por otro lado, el propio Francisco I escribió una carta a Urbieta agradeciéndole su comportamiento durante la captura y el haberle permitido salvar la vida.
Murió el 22 de agosto de 1553 en su Hernani natal y fue enterrado al pie del presbiterio de la iglesia parroquial de San Juan Bautista, según él mismo dispuso en su testamento.[ Siglos más tarde sus restos fueron profanados por soldados franceses durante la Guerra de la Independencia. Llevan su nombre la principal calle de su ciudad natal, así como una céntrica avenida de San Sebastián (desde 1866), una calle de Bilbao y una calle del distrito de Retiro, en Madrid.